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引言：在前面我們了解了如何使用TCGAbiolinks檢索并獲取TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的公開數(shù)據(jù)。今天小編就用前面涉及到的代碼，下載今天數(shù)據(jù)準(zhǔn)備需要用到的TCGA樣本數(shù)據(jù)。

一、數(shù)據(jù)下載階段

第一步：GDCquery（）篩選我們需要的數(shù)據(jù)，TCGAbiolinks包下載TCGA數(shù)據(jù)進(jìn)行表達(dá)差異分析－肝癌案例

library（＂TCGAbiolinks＂）

query ＜－ GDCquery（project ＝ ＂TCGA－LIHC＂，

data．category ＝ ＂Transcriptome Profiling＂，

data．type ＝ ＂Gene Expression Quantification＂，

workflow．type ＝ ＂HTSeq － Counts＂）

上圖為通過TCGA GDC鏈接中根據(jù)篩選條件查看的符合要求結(jié)果。下圖為通過GDCquery（）函數(shù)中傳入對(duì)應(yīng)的參數(shù)得到的結(jié)果。兩者對(duì)比，我們可以發(fā)現(xiàn)，兩者是一模一樣的。說(shuō)明代碼執(zhí)行正確。前面一期中，我們有詳細(xì)談及 GDCquery，可做參考。

samplesDown ＜－ getResults（query，cols＝c（＂cases＂））

＃getResults（query， rows， cols）根據(jù)指定行名或列名從query中獲取結(jié)果，此處用來(lái)獲得樣本的barcode

＃ 此處共檢索出424個(gè)barcodes

getResults（）中用到的參數(shù)：

參數(shù)用法query
來(lái)自GDCquery的結(jié)果rows用于指定特定的行cols用于指定特定的列

＃ 從samplesDown中篩選出TP（實(shí)體腫瘤）樣本的barcodes

＃ TCGAquery＿SampleTypes（barcode， typesample）

＃ TP代表PRIMARY SOLID TUMOR；NT－代表Solid Tissue Normal（其他組織樣本可參考學(xué)習(xí)文檔）

＃＃此處共檢索出371個(gè)TP樣本barcodes

dataSmTP ＜－ TCGAquery＿SampleTypes（barcode ＝ samplesDown，

typesample ＝ ＂TP＂）

＃ 從samplesDown中篩選出NT（正常組織）樣本的barcode

＃此處共檢索出50個(gè)NT樣本barcodes

dataSmNT ＜－ TCGAquery＿SampleTypes（barcode ＝ samplesDown，

typesample ＝ ＂NT＂）

TCGAquery＿SampleTypes中的參數(shù)詳解：

參數(shù)用法barcodeTCGA中的barcodes列表typesample用于指定篩選哪種類型的組織樣本，如腫瘤組織“TP”，正常組織“NT”

補(bǔ)充TCGA中的組織樣本類型：

TPPRIMARY SOLID TUMORTMMetastaticTRRECURRENT SOLID TUMORTAMAdditional MetastaticTBPrimary Blood Derived Cancer－Peripheral BloodTHOCHuman Tumor Original CellsTRBMRecurrent Blood Derived Cancer－Bone MarrowTBM Primary Blood Derived Cancer－Bone MarrowTAPAdditional－New PrimaryNB Blood Derived Normal NTSolid Tissue NormalNBCBuccal Cell Normal???NEBVEBV Immortalized NormalNBMBone Marrow Normal